Susunan organisasi Balai Konservasi Air Tanah terdiri atas :
Subbagian Umum
mempunyai tugas melakukan penyiapan bahan koordinasi dan penyusunan rencana, program, anggaran, laporan, kerja sama, dan informasi, dan pelaksanaan ketatausahaan, kearsipan, kepegawaian, keuangan, dan rumah tangga.
Kelompok Jabatan Fungsional
mempunyai tugas memberikan pelayanan fungsional dalam pelaksanaan tugas dan fungsi UPT Badan Geologi sesuai dengan bidang keahlian dan keterampilan.
